Avec une séance qualificative pour le moins serrée, on pouvait s’attendre à des 6 Heures de Fuji animées. Finalement, on retrouve chaque marque sur le podium. Audi Sport Team Joest a dominé de bout en bout et il aura fallu attendre le damier pour connaître le dénouement de l’édition 2016. A l’entame du dernier tour, Kobayashi ne possédait que 1,6s d’avance sur Duval, mais le pilote Toyota, impérial sur ses terres, ne s’est pas laissé surprendre malgré la très belle pointe de vitesse de Duval. Sous le damier, la Toyota #6 de Kobayashi/Sarrazin/Conway a gardé 1,439s sur l’Audi de Duval/di Grassi/Jarvis. Troisième place pour la Porsche 919 Hybrid de Hartley/Webber/Bernhard. Le Toyota Gazoo Racing renoue avec la victoire pour la première fois depuis Bahrain 2014. Les Japonais sont reçus quatre sur cinq à Fuji depuis 2012.
La météo a été clémente avec des équipes qui ont fait des choix pneumatiques différents. Porsche et Toyota ont de suite opté pour des gommes Michelin Temps Chaud contre Temps Chaud Plus pour Audi qui a perdu la R18 #7 de Tréluyer/Lotterer/Fässler dès le 17ème tour suite à un souci d’hybride. Tous les espoirs de victoire ont reposé sur la #8 qui a fait la course en tête jusque dans la dernière heure. L’Audi #8 a emprunté la voie des stands à 49 minutes du damier pour laisser le Français au volant en lui mettant des pneus neufs. Dans le camp Toyota, on a préféré garder les mêmes gommes, alors que chez Porshe, Webber a remplacé Hartley à 34 minutes du terme et le Champion du Monde a repris la piste avec des enveloppes neuves sur la #1. Audi Sport ne peut jouer à armes égales sur le ravitaillement en carburant face à la concurrence.
La Toyota #5 (4ème) et la Porsche #2 (5ème) n’ont jamais été dans le coup pour la gagne. Porsche a tenté de régler une partie du problème en changeant le capot avant de la 919 Hybrid suite à des soucis de vibration.
Sans concurrence, la Rebellion R-One de Imperatori/Kraihamer/Tuscher s’est imposée dans la classe LM P1 privée, ce qui offre un nouveau sacre à l’équipe suisse.
La catégorie LM P2 a été animée et elle a bien failli mal se terminer comme l’année passée. A l’issue d’un final très chaud, c’est l’ORECA 05/G-Drive Racing de Will Stevens, Roman Rusinov et Alex Brundle qui s’est imposée d’un cheveu sur la Ligier JS P2/RGR Sport by Morand de Senna/Albuqerque/Gonzalez. Stevens et Senna se sont sérieusement expliqués et si le Britannique a trouvé l’ouverture sur le Brésilien, le pilote G-Drive a dû rendre sa position quelques minutes plus tard sur ordre de la direction de la course. A l’arrivée, RGR Sport by Morand n’a concédé que 1,3s. Signatech-Alpine s’est offert un nouveau podium (à 27s de la tête) grâce à Lapierre/Menezes/Richelmi, ce qui rapproche un peu plus le trio du titre mondial. Sans une pénalité pour une vitesse excessive dans la voie des stands, la Ligier JS P2/Tequila Patron ESM de Giovinazzi/Gelael/Van der Garde pouvait monter sur le podium. Cinquième place pour la seconde Ligier/Tequila Patron ESM.
Les Ford GT ont retrouvé des couleurs au Japon avec un doublé des GT américaines. Andy Priaulx et Harry Tincknell sont venus à bout de la voiture soeur de Olivier Pla et Stefan Mücke pour une dizaine de secondes. Les Ford ont été au-dessus du lot tout le week-end. Les Ferrari 488 GTE/AF Corse ont pourtant tout donné, mais Bruni/Caldo ont dû se contenter de la 3ème place devant la #71 de Rigon/Bird. Les deux Aston Martin Vantage GTE n’ont pas pu jouer la gagne avec une 5ème place pour Sorensen/Thiim devant Stanaway/Turner. La Porsche 911 RSR/Dempsey Proton de Lietz/Christensen a une nouvelle fois terminé derrière la concurrence.
En GTE-Am, la course n’aura été que domination Aston Martin Racing avec une deuxième victoire de suite pour Paul Dalla Lana, Mathias Lauda et Pedro Lamy. Le trio de l’Aston Martin Vantage GTE a dominé de bout en bout pour devancer la Ferrari 458 GTE/AF Corse de Manu Collard, François Perrodo et Rui Aguas. Les 18 points récupérés à l’équipage de la #83 les rapprochent un peu plus du titre. La dernière marche du podium est revenue à la Porsche 911 RSR/KCMG de Camathias/Henzler/Ried qui s’offre un troisième podium consécutif. La Porsche 911 RSR/Abu Dhabi Proton Racing de Al Qubaisi/Long/Heinemeier-Hansson a souffert d’un accrochage avec une autre Porsche, d’où une 5ème place finale. Pas de chance pour la Corvette C7.R/Larbre Compétition de Ragues/Taylor/Yamagishi qui pouvait jouer le podium à la régulière, mais la #50 a rendu les armes sur un problème de boîte de vitesses.
Exception faite de la victoire en GTE-Am, tous les vainqueurs du jour sont nouveaux cette année.
Le classement de la course est ici