Honda fera dans la continuité cette saison en SUPER GT dans la catégorie GT500 où cinq NSX Concept-GT seront alignées pour les équipes déjà présentes en 2015. Autobacs Racing Team Aguri fera rouler Kosuke Matsuura et Tomoki Nojiri sur la #8. Le tandem s’est classé 14ème en 2015. Drago Modulo Honda Racing reconduit Oliver Turvey dans le baquet de la #15 pour une deuxième année en SUPER GT, mais le Britannique change de coéquipier avec l’arrivée de Hideki Mutoh, présent en 2015 chez Keihin Real Racing.
Keihin Real Racing aura donc un nouveau visage avec Koudai Tsukakoshi, désormais épaulé dans la #17 par Takashi Kogure, qui arrive de chez Drago Modulo Honda Racing. Pas de changement chez Epson Nakajima Racing où Bertrand Baguette sera à nouveau en compagnie de Daisuke Nakajima sur la #64. Troisièmes en 2015, Naoki Yamamoto et Takuya Izawa tenteront de faire mieux sur la #100 du Team Kunimitsu.
Plusieurs des pensionnaires Honda rouleront en complément en Super Formula. Baguette/Nakajima seront chez Nakajima Racing, Kogure chez Drago Corse, Yamamoto chez Team Mugen, Izawa/Tsukakoshi chez Real Racing et Tomoki Nojiri sera chez Domoco Team Dandelion Racing en compagnie du Belge Stoffel Vandoorne.